В панели VestaCP активируем SSL Support:Lets Encrypt для служебного (основного) домена (активация от минуты до нескольких часов, при ошибке 400 удаляем алиасы на www и прочие)
Подключаемся к серверу
[ххх ~]:~$ ssh root@vXXXXX.dh.net.ua
переносим старый ключ и сертификат панели в бекап:
[ххх ~]# mv /usr/local/vesta/ssl/certificate.crt /usr/local/vesta/ssl/certificate.crt.bak
[ххх ~]# mv /usr/local/vesta/ssl/certificate.key /usr/local/vesta/ssl/certificate.key.bak
создаем симлинки на служебный (основной) домен
[ххх ~]# ln -s /home/admin/conf/web/ssl.vXXXXX.dh.net.ua.crt /usr/local/vesta/ssl/certificate.crt
[ххх ~]# ln -s /home/admin/conf/web/ssl.vXXXXX.dh.net.ua.key /usr/local/vesta/ssl/certificate.key
Перезапускаем службу VestaCP
[ххх ~]# service vesta restart
Restarting vesta (via systemctl): [ OK ]
Готово.