Проделано на ISPmanager Lite и операционной системе Centos 6.
1) переходим в директорию /usr/share/phpMyAdmin.
2) делаем бэкап директории.
3) скачиваем с официального сайта последнюю стабильную версию PhpMyadmin http://www.phpmyadmin.net
4) загружаем в директорию /usr/share/phpmyadmin
5) проверяем версию.